Misioni i Transparensy International Maqedoni është drejtuar tek analiza e legislaturës kombëtare, analiza komparative dhe rekomandime për përmirësimin e kornizës ligjore, zbulimin e dobësive në legjislacion dhe në kornizën ligjore, të cilat potencialisht e mundësojnë korrupsionin, analizë mbi sistemin e integritetit kombëtarë në Republikën e Maqedonisë së Veriut nëpërmjet analizës së shtyllave të antikorupsionit, bashkëpunimi me palët kryesore të interesuara (institcionet shtetërore, shoqëria civile, komuniteti i biznesit, mediat dhe qytetarët).
Transparency International Maqedoni bashkëpunon në mënyrë active dhe është përfshirë në shumë rrjete në nivelin kobëtar dhe ndërkombëtar. Ajo është anëtare në Platforma e Organizateve të Shoqërisë Civile kundër Korrupsionit, Koalicionit për mbrojtja e denoncuesit në Europa Jugolindore (https://see-whistleblowing.org/) dhe UNCAC (Koalicioni I Kombeve të Bashkuara për luftën kundër korrupsionit, https://uncaccoalition.org/)